Sala 05 - Sala da Igreja
Em 1550, a casa do despacho da Misericórdia do Porto na rua das Flores estava operacional e a igreja, no seu lado sul, seria benzida em 1559 pelo bispo do Porto D. Rodrigo Pinheiro. Nesse mesmo ano, indica-se que o mestre da obra era Manuel Luís.

A bênção da igreja, porém, não significou que ela estivesse já concluída. Só em 1564, a abóbada de berço com caixotões de granito que cobria a nave foi terminada. Contudo, os acabamentos prolongaram-se até 1568. No frontispício, recuado em relação à frente da casa do despacho, a igreja exibia um pórtico coríntio.

No século XVIII, devido a problemas estruturais, em boa parte causados pela elevada concentração de humidades, foi necessária uma intervenção profunda na igreja (1748-54). Esta seria protagonizada pelo pintor-arquiteto Nicolau Nasoni, que desenhou a atual fachada barroca, e pelo engenheiro Manuel Alves Martins, que produziu as plantas para o novo coro e corpo da igreja.